Slovenska znanstvena fundacija s pomočjo poklicnega direktorja in ostalih strokovnih ter administrativnih sodelavcev Strokovne službe ustanove spremlja dogajanja v slovenski in evropski znanstveni skupnosti, analizira dogajanja, spremembe in novosti ter išče možnosti za najustreznejši odziv na izzive vezane na znanstveno-raziskovalno dejavnost, raziskovalce, raziskovalna področja in polja.

Znanstveno politiko ustanove določa in spremlja njeno uresničevanje Znanstveni svet.

Najvišji organ soustanoviteljev je Svet ustanove, uprava pa opravlja naloge skladno z zakonodajo določeno vlogo.

Ustanova ustanavlja tudi začasne in stalne komisije ter druga telesa za evalviranje vlog na javne razpise denarnih podpor, kandidatur za priznanja ter za ostale namene.